Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC21.45■■□□□ 1.03
SCN1BQ07699 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
SCN1BQ07699 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.5 ms