Protein–RNA interactions for Protein: P61968

LMO4, LIM domain transcription factor LMO4, humanhuman

Predictions only

Length 165 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMO4P61968 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LMO4P61968 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LMO4P61968 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LMO4P61968 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LMO4P61968 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LMO4P61968 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LMO4P61968 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LMO4P61968 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LMO4P61968 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LMO4P61968 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LMO4P61968 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LMO4P61968 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LMO4P61968 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LMO4P61968 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LMO4P61968 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LMO4P61968 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LMO4P61968 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LMO4P61968 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LMO4P61968 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LMO4P61968 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LMO4P61968 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LMO4P61968 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LMO4P61968 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LMO4P61968 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
LMO4P61968 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LMO4P61968 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LMO4P61968 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LMO4P61968 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
LMO4P61968 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LMO4P61968 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LMO4P61968 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LMO4P61968 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LMO4P61968 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LMO4P61968 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LMO4P61968 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LMO4P61968 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LMO4P61968 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LMO4P61968 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LMO4P61968 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LMO4P61968 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LMO4P61968 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LMO4P61968 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LMO4P61968 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LMO4P61968 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LMO4P61968 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
LMO4P61968 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LMO4P61968 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LMO4P61968 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
LMO4P61968 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LMO4P61968 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LMO4P61968 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LMO4P61968 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
LMO4P61968 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LMO4P61968 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LMO4P61968 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LMO4P61968 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LMO4P61968 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LMO4P61968 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LMO4P61968 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LMO4P61968 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LMO4P61968 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LMO4P61968 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LMO4P61968 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LMO4P61968 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LMO4P61968 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LMO4P61968 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LMO4P61968 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LMO4P61968 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LMO4P61968 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LMO4P61968 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LMO4P61968 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LMO4P61968 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
LMO4P61968 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LMO4P61968 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LMO4P61968 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LMO4P61968 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LMO4P61968 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LMO4P61968 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
LMO4P61968 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
LMO4P61968 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
LMO4P61968 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LMO4P61968 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LMO4P61968 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LMO4P61968 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LMO4P61968 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LMO4P61968 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.82
LMO4P61968 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
LMO4P61968 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LMO4P61968 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LMO4P61968 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LMO4P61968 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LMO4P61968 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LMO4P61968 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LMO4P61968 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LMO4P61968 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
LMO4P61968 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LMO4P61968 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LMO4P61968 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
LMO4P61968 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LMO4P61968 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.6 ms