Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
HOXC11O43248 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
HOXC11O43248 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC11O43248 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC11O43248 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC11O43248 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC11O43248 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC11O43248 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC11O43248 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC11O43248 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC11O43248 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC11O43248 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC11O43248 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC11O43248 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXC11O43248 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXC11O43248 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXC11O43248 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXC11O43248 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXC11O43248 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXC11O43248 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXC11O43248 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC11O43248 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC11O43248 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC11O43248 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC25■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
HOXC11O43248 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXC11O43248 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms