Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 CCL3-204ENST00000613922 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ESR1-204ENST00000406599 1251 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 GPX1P2-201ENST00000429271 606 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 CLYBL-203ENST00000376355 6771 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51 ms