Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUW8

TDP1, Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1, humanhuman

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Length 608 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TDP1Q9NUW8 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TDP1Q9NUW8 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TDP1Q9NUW8 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TDP1Q9NUW8 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TDP1Q9NUW8 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TDP1Q9NUW8 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
TDP1Q9NUW8 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
TDP1Q9NUW8 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TDP1Q9NUW8 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
TDP1Q9NUW8 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TDP1Q9NUW8 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
TDP1Q9NUW8 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
TDP1Q9NUW8 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
TDP1Q9NUW8 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
TDP1Q9NUW8 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
TDP1Q9NUW8 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC25.52■■□□□ 1.68
TDP1Q9NUW8 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC25.5■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
TDP1Q9NUW8 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
TDP1Q9NUW8 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
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