Protein–RNA interactions for Protein: Q9NQT5

EXOSC3, Exosome complex component RRP40, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 275 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC3Q9NQT5 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
EXOSC3Q9NQT5 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
EXOSC3Q9NQT5 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
EXOSC3Q9NQT5 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
EXOSC3Q9NQT5 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
EXOSC3Q9NQT5 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
EXOSC3Q9NQT5 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
EXOSC3Q9NQT5 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
EXOSC3Q9NQT5 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
EXOSC3Q9NQT5 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
EXOSC3Q9NQT5 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
EXOSC3Q9NQT5 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
EXOSC3Q9NQT5 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
EXOSC3Q9NQT5 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
EXOSC3Q9NQT5 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.9 ms