Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z3B4

NUP54, Nucleoporin p54, humanhuman

Predictions only

Length 507 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP54Q7Z3B4 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
NUP54Q7Z3B4 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NUP54Q7Z3B4 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NUP54Q7Z3B4 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NUP54Q7Z3B4 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NUP54Q7Z3B4 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NUP54Q7Z3B4 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NUP54Q7Z3B4 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
NUP54Q7Z3B4 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NUP54Q7Z3B4 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
NUP54Q7Z3B4 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP54Q7Z3B4 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP54Q7Z3B4 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP54Q7Z3B4 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP54Q7Z3B4 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP54Q7Z3B4 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP54Q7Z3B4 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP54Q7Z3B4 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP54Q7Z3B4 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP54Q7Z3B4 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
NUP54Q7Z3B4 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
NUP54Q7Z3B4 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC22.57■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC22.55■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
NUP54Q7Z3B4 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
NUP54Q7Z3B4 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
NUP54Q7Z3B4 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
NUP54Q7Z3B4 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
NUP54Q7Z3B4 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
NUP54Q7Z3B4 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
NUP54Q7Z3B4 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
NUP54Q7Z3B4 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.9 ms