Protein–RNA interactions for Protein: P78367

NKX3-2, Homeobox protein Nkx-3.2, humanhuman

Predictions only

Length 333 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX3-2P78367 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
NKX3-2P78367 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
NKX3-2P78367 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
NKX3-2P78367 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
NKX3-2P78367 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC27.61■■■□□ 2.01
NKX3-2P78367 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
NKX3-2P78367 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
NKX3-2P78367 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
NKX3-2P78367 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
NKX3-2P78367 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
NKX3-2P78367 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
NKX3-2P78367 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
NKX3-2P78367 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
NKX3-2P78367 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
NKX3-2P78367 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
NKX3-2P78367 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
NKX3-2P78367 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
NKX3-2P78367 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC27.57■■■□□ 2
NKX3-2P78367 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
NKX3-2P78367 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
NKX3-2P78367 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC27.56■■■□□ 2
NKX3-2P78367 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
NKX3-2P78367 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC27.56■■■□□ 2
NKX3-2P78367 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
NKX3-2P78367 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
NKX3-2P78367 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
NKX3-2P78367 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC27.55■■■□□ 2
NKX3-2P78367 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC27.55■■■□□ 2
NKX3-2P78367 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
NKX3-2P78367 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
NKX3-2P78367 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC27.54■■■□□ 2
NKX3-2P78367 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC27.54■■■□□ 2
NKX3-2P78367 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC27.54■■■□□ 2
NKX3-2P78367 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
NKX3-2P78367 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
NKX3-2P78367 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC27.53■■■□□ 2
NKX3-2P78367 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
NKX3-2P78367 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
NKX3-2P78367 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC27.52■■■□□ 2
NKX3-2P78367 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC27.48■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC27.46■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
NKX3-2P78367 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
NKX3-2P78367 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
NKX3-2P78367 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
NKX3-2P78367 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
NKX3-2P78367 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
NKX3-2P78367 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC27.44■■□□□ 1.98
NKX3-2P78367 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
NKX3-2P78367 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.44■■□□□ 1.98
NKX3-2P78367 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
NKX3-2P78367 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
NKX3-2P78367 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
NKX3-2P78367 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
NKX3-2P78367 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
NKX3-2P78367 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
NKX3-2P78367 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
NKX3-2P78367 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
NKX3-2P78367 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
NKX3-2P78367 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
NKX3-2P78367 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
NKX3-2P78367 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
NKX3-2P78367 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
NKX3-2P78367 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
NKX3-2P78367 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
NKX3-2P78367 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
NKX3-2P78367 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms