Protein–RNA interactions for Protein: P48742

LHX1, LIM/homeobox protein Lhx1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX1P48742 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
LHX1P48742 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
LHX1P48742 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
LHX1P48742 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
LHX1P48742 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
LHX1P48742 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
LHX1P48742 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
LHX1P48742 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
LHX1P48742 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
LHX1P48742 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
LHX1P48742 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
LHX1P48742 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
LHX1P48742 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
LHX1P48742 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
LHX1P48742 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
LHX1P48742 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
LHX1P48742 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
LHX1P48742 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
LHX1P48742 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
LHX1P48742 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
LHX1P48742 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC26.14■■□□□ 1.78
LHX1P48742 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
LHX1P48742 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
LHX1P48742 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
LHX1P48742 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
LHX1P48742 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
LHX1P48742 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LHX1P48742 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
LHX1P48742 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LHX1P48742 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
LHX1P48742 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
LHX1P48742 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
LHX1P48742 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC26.11■■□□□ 1.77
LHX1P48742 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC26.11■■□□□ 1.77
LHX1P48742 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LHX1P48742 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LHX1P48742 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
LHX1P48742 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LHX1P48742 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LHX1P48742 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LHX1P48742 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
LHX1P48742 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
LHX1P48742 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LHX1P48742 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LHX1P48742 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC26.1■■□□□ 1.77
LHX1P48742 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
LHX1P48742 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LHX1P48742 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LHX1P48742 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
LHX1P48742 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
LHX1P48742 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
LHX1P48742 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
LHX1P48742 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC26.09■■□□□ 1.77
LHX1P48742 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
LHX1P48742 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
LHX1P48742 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
LHX1P48742 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
LHX1P48742 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
LHX1P48742 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
LHX1P48742 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
LHX1P48742 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LHX1P48742 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
LHX1P48742 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
LHX1P48742 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
LHX1P48742 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
LHX1P48742 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
LHX1P48742 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
LHX1P48742 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
LHX1P48742 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
LHX1P48742 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC26.03■■□□□ 1.76
LHX1P48742 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
LHX1P48742 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
LHX1P48742 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
LHX1P48742 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
LHX1P48742 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
LHX1P48742 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
LHX1P48742 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LHX1P48742 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LHX1P48742 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LHX1P48742 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LHX1P48742 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LHX1P48742 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
LHX1P48742 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
LHX1P48742 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
LHX1P48742 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LHX1P48742 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
LHX1P48742 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
LHX1P48742 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
LHX1P48742 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
LHX1P48742 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LHX1P48742 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC26■■□□□ 1.75
LHX1P48742 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LHX1P48742 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
LHX1P48742 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
LHX1P48742 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
LHX1P48742 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
LHX1P48742 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
LHX1P48742 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
LHX1P48742 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
LHX1P48742 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms