Protein–RNA interactions for Protein: P03956

MMP1, Interstitial collagenase, humanhuman

Predictions only

Length 469 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MMP1P03956 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
MMP1P03956 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
MMP1P03956 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
MMP1P03956 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
MMP1P03956 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
MMP1P03956 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
MMP1P03956 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
MMP1P03956 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
MMP1P03956 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
MMP1P03956 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
MMP1P03956 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
MMP1P03956 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
MMP1P03956 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
MMP1P03956 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
MMP1P03956 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
MMP1P03956 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
MMP1P03956 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
MMP1P03956 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
MMP1P03956 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
MMP1P03956 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
MMP1P03956 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
MMP1P03956 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
MMP1P03956 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
MMP1P03956 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
MMP1P03956 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
MMP1P03956 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
MMP1P03956 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
MMP1P03956 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
MMP1P03956 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
MMP1P03956 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
MMP1P03956 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
MMP1P03956 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
MMP1P03956 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
MMP1P03956 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
MMP1P03956 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
MMP1P03956 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
MMP1P03956 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
MMP1P03956 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
MMP1P03956 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.11
MMP1P03956 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
MMP1P03956 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
MMP1P03956 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
MMP1P03956 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
MMP1P03956 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
MMP1P03956 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
MMP1P03956 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
MMP1P03956 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
MMP1P03956 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
MMP1P03956 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
MMP1P03956 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
MMP1P03956 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
MMP1P03956 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
MMP1P03956 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
MMP1P03956 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
MMP1P03956 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
MMP1P03956 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
MMP1P03956 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
MMP1P03956 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
MMP1P03956 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
MMP1P03956 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
MMP1P03956 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
MMP1P03956 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
MMP1P03956 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
MMP1P03956 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
MMP1P03956 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
MMP1P03956 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
MMP1P03956 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
MMP1P03956 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
MMP1P03956 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
MMP1P03956 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
MMP1P03956 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
MMP1P03956 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
MMP1P03956 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
MMP1P03956 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
MMP1P03956 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
MMP1P03956 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
MMP1P03956 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
MMP1P03956 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
MMP1P03956 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
MMP1P03956 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
MMP1P03956 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
MMP1P03956 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
MMP1P03956 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
MMP1P03956 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
MMP1P03956 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
MMP1P03956 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
MMP1P03956 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
MMP1P03956 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
MMP1P03956 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
MMP1P03956 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
MMP1P03956 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
MMP1P03956 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
MMP1P03956 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
MMP1P03956 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
MMP1P03956 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
MMP1P03956 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
MMP1P03956 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
MMP1P03956 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.09
MMP1P03956 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
MMP1P03956 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 87.8 ms