Protein–RNA interactions for Protein: O95025

SEMA3D, Semaphorin-3D, humanhuman

Predictions only

Length 777 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SEMA3DO95025 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
SEMA3DO95025 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SEMA3DO95025 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms