Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 TECR-201ENST00000215567 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 PNMT-202ENST00000394246 821 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 S100A6-205ENST00000496817 673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 AC119403.1-201ENST00000520090 776 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 AC004801.5-202ENST00000546804 530 ntTSL 4 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 AL031432.2-201ENST00000566714 459 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 AL928711.1-201ENST00000570165 459 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 MRPL34-205ENST00000600434 793 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 MARCH2-206ENST00000601283 747 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 PTGES3-204ENST00000448157 1017 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 LHX6-205ENST00000464484 666 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 SEC24B-AS1-203ENST00000505895 800 ntTSL 4 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 SNHG9-202ENST00000564014 471 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 CLN3-255ENST00000637100 1284 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 OGFOD2-224ENST00000545612 1465 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 ADA-207ENST00000537820 1128 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 TSPO-202ENST00000337554 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 AL139400.1-201ENST00000366220 510 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 TBC1D3P5-201ENST00000579401 1545 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 MIPEPP3-202ENST00000424756 347 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 96.2 ms