Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
USP3Q9Y6I4 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP3Q9Y6I4 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP3Q9Y6I4 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP3Q9Y6I4 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP3Q9Y6I4 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP3Q9Y6I4 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP3Q9Y6I4 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP3Q9Y6I4 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP3Q9Y6I4 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP3Q9Y6I4 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP3Q9Y6I4 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms