Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
CCL28Q9NRJ3 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCL28Q9NRJ3 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.7 ms