Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

Predictions only

Length 867 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SP140Q13342 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SP140Q13342 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SP140Q13342 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SP140Q13342 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SP140Q13342 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SP140Q13342 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SP140Q13342 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SP140Q13342 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SP140Q13342 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SP140Q13342 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SP140Q13342 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
SP140Q13342 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
SP140Q13342 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SP140Q13342 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SP140Q13342 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SP140Q13342 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SP140Q13342 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SP140Q13342 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SP140Q13342 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
SP140Q13342 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SP140Q13342 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SP140Q13342 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
SP140Q13342 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SP140Q13342 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SP140Q13342 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SP140Q13342 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SP140Q13342 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SP140Q13342 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SP140Q13342 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SP140Q13342 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SP140Q13342 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SP140Q13342 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SP140Q13342 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SP140Q13342 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SP140Q13342 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SP140Q13342 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
SP140Q13342 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SP140Q13342 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SP140Q13342 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SP140Q13342 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SP140Q13342 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SP140Q13342 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SP140Q13342 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
SP140Q13342 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SP140Q13342 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SP140Q13342 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SP140Q13342 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SP140Q13342 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SP140Q13342 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SP140Q13342 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SP140Q13342 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SP140Q13342 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SP140Q13342 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SP140Q13342 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SP140Q13342 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.44
SP140Q13342 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SP140Q13342 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SP140Q13342 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SP140Q13342 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SP140Q13342 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SP140Q13342 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SP140Q13342 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SP140Q13342 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SP140Q13342 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SP140Q13342 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SP140Q13342 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SP140Q13342 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SP140Q13342 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SP140Q13342 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SP140Q13342 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SP140Q13342 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SP140Q13342 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SP140Q13342 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SP140Q13342 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SP140Q13342 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SP140Q13342 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SP140Q13342 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SP140Q13342 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SP140Q13342 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SP140Q13342 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SP140Q13342 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SP140Q13342 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SP140Q13342 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SP140Q13342 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SP140Q13342 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SP140Q13342 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SP140Q13342 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SP140Q13342 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SP140Q13342 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SP140Q13342 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SP140Q13342 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SP140Q13342 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SP140Q13342 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SP140Q13342 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SP140Q13342 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
SP140Q13342 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
SP140Q13342 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
SP140Q13342 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SP140Q13342 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77.1 ms