Protein–RNA interactions for Protein: P60709

ACTB, Actin, cytoplasmic 1, humanhuman

Predictions only

Length 375 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ACTBP60709 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ACTBP60709 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ACTBP60709 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ACTBP60709 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
ACTBP60709 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
ACTBP60709 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC21.08■□□□□ 0.97
ACTBP60709 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
ACTBP60709 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
ACTBP60709 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
ACTBP60709 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
ACTBP60709 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
ACTBP60709 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
ACTBP60709 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
ACTBP60709 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
ACTBP60709 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
ACTBP60709 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
ACTBP60709 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
ACTBP60709 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
ACTBP60709 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
ACTBP60709 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
ACTBP60709 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
ACTBP60709 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
ACTBP60709 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
ACTBP60709 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
ACTBP60709 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
ACTBP60709 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
ACTBP60709 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
ACTBP60709 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
ACTBP60709 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
ACTBP60709 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
ACTBP60709 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
ACTBP60709 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
ACTBP60709 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
ACTBP60709 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
ACTBP60709 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
ACTBP60709 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
ACTBP60709 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
ACTBP60709 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
ACTBP60709 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
ACTBP60709 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
ACTBP60709 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
ACTBP60709 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
ACTBP60709 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
ACTBP60709 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
ACTBP60709 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.95
ACTBP60709 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
ACTBP60709 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
ACTBP60709 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
ACTBP60709 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
ACTBP60709 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
ACTBP60709 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
ACTBP60709 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
ACTBP60709 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
ACTBP60709 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
ACTBP60709 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
ACTBP60709 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
ACTBP60709 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
ACTBP60709 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC21■□□□□ 0.95
ACTBP60709 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
ACTBP60709 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
ACTBP60709 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC21■□□□□ 0.95
ACTBP60709 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
ACTBP60709 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
ACTBP60709 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
ACTBP60709 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
ACTBP60709 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
ACTBP60709 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
ACTBP60709 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
ACTBP60709 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
ACTBP60709 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
ACTBP60709 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
ACTBP60709 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
ACTBP60709 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
ACTBP60709 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
ACTBP60709 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
ACTBP60709 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
ACTBP60709 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
ACTBP60709 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
ACTBP60709 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
ACTBP60709 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
ACTBP60709 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
ACTBP60709 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
ACTBP60709 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
ACTBP60709 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
ACTBP60709 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
ACTBP60709 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
ACTBP60709 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
ACTBP60709 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
ACTBP60709 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
ACTBP60709 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
ACTBP60709 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
ACTBP60709 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
ACTBP60709 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
ACTBP60709 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
ACTBP60709 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
ACTBP60709 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
ACTBP60709 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
ACTBP60709 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
ACTBP60709 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
ACTBP60709 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.7 ms