Protein–RNA interactions for Protein: P49917

LIG4, DNA ligase 4, humanhuman

Predictions only

Length 911 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG4P49917 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
LIG4P49917 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
LIG4P49917 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
LIG4P49917 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
LIG4P49917 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
LIG4P49917 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
LIG4P49917 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
LIG4P49917 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
LIG4P49917 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
LIG4P49917 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
LIG4P49917 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
LIG4P49917 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
LIG4P49917 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
LIG4P49917 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
LIG4P49917 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
LIG4P49917 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
LIG4P49917 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
LIG4P49917 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
LIG4P49917 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.93
LIG4P49917 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
LIG4P49917 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
LIG4P49917 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
LIG4P49917 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
LIG4P49917 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
LIG4P49917 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIG4P49917 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIG4P49917 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIG4P49917 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
LIG4P49917 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
LIG4P49917 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
LIG4P49917 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
LIG4P49917 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
LIG4P49917 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIG4P49917 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIG4P49917 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
LIG4P49917 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIG4P49917 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIG4P49917 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIG4P49917 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
LIG4P49917 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
LIG4P49917 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
LIG4P49917 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
LIG4P49917 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC27.07■■□□□ 1.92
LIG4P49917 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
LIG4P49917 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
LIG4P49917 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
LIG4P49917 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
LIG4P49917 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
LIG4P49917 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
LIG4P49917 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIG4P49917 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIG4P49917 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
LIG4P49917 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIG4P49917 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIG4P49917 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIG4P49917 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIG4P49917 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIG4P49917 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIG4P49917 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
LIG4P49917 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
LIG4P49917 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
LIG4P49917 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
LIG4P49917 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
LIG4P49917 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
LIG4P49917 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
LIG4P49917 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
LIG4P49917 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
LIG4P49917 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
LIG4P49917 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
LIG4P49917 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
LIG4P49917 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
LIG4P49917 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
LIG4P49917 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
LIG4P49917 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
LIG4P49917 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
LIG4P49917 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIG4P49917 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIG4P49917 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIG4P49917 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIG4P49917 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIG4P49917 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG4P49917 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG4P49917 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG4P49917 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG4P49917 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG4P49917 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG4P49917 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG4P49917 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG4P49917 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG4P49917 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG4P49917 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG4P49917 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
LIG4P49917 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC26.96■■□□□ 1.91
LIG4P49917 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC26.96■■□□□ 1.91
LIG4P49917 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
LIG4P49917 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.91
LIG4P49917 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
LIG4P49917 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
LIG4P49917 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
LIG4P49917 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.3 ms