Protein–RNA interactions for Protein: O75351

VPS4B, Vacuolar protein sorting-associated protein 4B, humanhuman

Predictions only

Length 444 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4BO75351 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS4BO75351 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS4BO75351 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC24■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
VPS4BO75351 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS4BO75351 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS4BO75351 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS4BO75351 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.7 ms