Protein–RNA interactions for Protein: O75112

LDB3, LIM domain-binding protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDB3O75112 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LDB3O75112 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LDB3O75112 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LDB3O75112 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LDB3O75112 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LDB3O75112 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LDB3O75112 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
LDB3O75112 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LDB3O75112 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LDB3O75112 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LDB3O75112 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LDB3O75112 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LDB3O75112 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LDB3O75112 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
LDB3O75112 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
LDB3O75112 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LDB3O75112 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LDB3O75112 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LDB3O75112 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LDB3O75112 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LDB3O75112 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LDB3O75112 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LDB3O75112 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LDB3O75112 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
LDB3O75112 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LDB3O75112 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LDB3O75112 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
LDB3O75112 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LDB3O75112 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LDB3O75112 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LDB3O75112 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LDB3O75112 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LDB3O75112 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LDB3O75112 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LDB3O75112 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LDB3O75112 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LDB3O75112 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LDB3O75112 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LDB3O75112 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LDB3O75112 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LDB3O75112 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LDB3O75112 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LDB3O75112 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LDB3O75112 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
LDB3O75112 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LDB3O75112 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
LDB3O75112 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LDB3O75112 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LDB3O75112 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LDB3O75112 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LDB3O75112 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LDB3O75112 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
LDB3O75112 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LDB3O75112 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LDB3O75112 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LDB3O75112 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LDB3O75112 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LDB3O75112 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LDB3O75112 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LDB3O75112 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LDB3O75112 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LDB3O75112 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LDB3O75112 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LDB3O75112 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LDB3O75112 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LDB3O75112 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LDB3O75112 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LDB3O75112 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LDB3O75112 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LDB3O75112 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
LDB3O75112 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LDB3O75112 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LDB3O75112 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LDB3O75112 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LDB3O75112 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LDB3O75112 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LDB3O75112 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LDB3O75112 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LDB3O75112 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LDB3O75112 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LDB3O75112 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LDB3O75112 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LDB3O75112 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LDB3O75112 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
LDB3O75112 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LDB3O75112 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LDB3O75112 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LDB3O75112 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LDB3O75112 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LDB3O75112 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LDB3O75112 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LDB3O75112 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LDB3O75112 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LDB3O75112 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LDB3O75112 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LDB3O75112 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LDB3O75112 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
LDB3O75112 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LDB3O75112 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LDB3O75112 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms