Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 GLDN-201ENST00000335449 4971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 CACNA2D2-201ENST00000266039 5476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.7 ms