Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.27■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC17.27■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.2 ms