Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

Predictions only

Length 867 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SP140Q13342 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
SP140Q13342 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
SP140Q13342 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
SP140Q13342 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SP140Q13342 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SP140Q13342 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SP140Q13342 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SP140Q13342 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SP140Q13342 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SP140Q13342 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SP140Q13342 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
SP140Q13342 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SP140Q13342 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SP140Q13342 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SP140Q13342 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SP140Q13342 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SP140Q13342 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SP140Q13342 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SP140Q13342 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SP140Q13342 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SP140Q13342 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SP140Q13342 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SP140Q13342 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SP140Q13342 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SP140Q13342 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
SP140Q13342 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
SP140Q13342 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
SP140Q13342 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
SP140Q13342 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
SP140Q13342 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
SP140Q13342 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
SP140Q13342 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
SP140Q13342 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SP140Q13342 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
SP140Q13342 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
SP140Q13342 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
SP140Q13342 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
SP140Q13342 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
SP140Q13342 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
SP140Q13342 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms