Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 NLRP1-217ENST00000619223 4698 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC9.98□□□□□ -0.812e-6■■■■■ 132.9
SF3B1O75533 NLRP1-203ENST00000345221 4656 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC9.89□□□□□ -0.832e-6■■■■■ 132.9
SF3B1O75533 NLRP1-214ENST00000577119 4200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.64□□□□□ -0.872e-6■■■■■ 132.9
SF3B1O75533 NLRP1-210ENST00000572272 4422 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC9.58□□□□□ -0.882e-6■■■■■ 132.9
SF3B1O75533 NLRP1-204ENST00000354411 4332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.11□□□□□ -0.952e-6■■■■■ 132.9
SF3B1O75533 UBAC2-202ENST00000376440 2525 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.152e-6■■■■■ 132.9
SF3B1O75533 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.975e-7■■■■■ 132.9
SF3B1O75533 APPL2-205ENST00000547439 3196 ntTSL 1 (best)19.78■□□□□ 0.765e-7■■■■■ 132.9
SF3B1O75533 APPL2-207ENST00000547809 1797 ntTSL 1 (best)14.61□□□□□ -0.075e-7■■■■■ 132.9
SF3B1O75533 APPL2-213ENST00000551662 2190 ntTSL 2 BASIC11.01□□□□□ -0.655e-7■■■■■ 132.9
SF3B1O75533 APPL2-202ENST00000539978 2680 ntTSL 2 BASIC10.41□□□□□ -0.745e-7■■■■■ 132.9
SF3B1O75533 ARID3A-205ENST00000587532 1016 ntTSL 520.32■□□□□ 0.844e-6■■■■■ 132.8
SF3B1O75533 ARID3A-202ENST00000457152 549 ntTSL 514.53□□□□□ -0.084e-6■■■■■ 132.8
SF3B1O75533 PHKB-205ENST00000564873 1493 ntTSL 33.53□□□□□ -1.845e-7■■■■■ 132.8
SF3B1O75533 TULP4-206ENST00000616856 2307 ntTSL 212.56□□□□□ -0.44e-6■■■■■ 132.7
SF3B1O75533 POT1-212ENST00000608057 2036 ntTSL 1 (best)8.96□□□□□ -0.971e-6■■■■■ 132.7
SF3B1O75533 POT1-201ENST00000357628 4080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.11□□□□□ -1.111e-6■■■■■ 132.7
SF3B1O75533 POT1-217ENST00000609106 2780 ntTSL 26.62□□□□□ -1.351e-6■■■■■ 132.7
SF3B1O75533 POT1-202ENST00000393329 3950 ntTSL 5 BASIC6.47□□□□□ -1.371e-6■■■■■ 132.7
SF3B1O75533 STIL-206ENST00000418131 3417 ntTSL 25.14□□□□□ -1.591e-7■■■■■ 132.7
SF3B1O75533 POT1-211ENST00000607932 1827 ntTSL 1 (best)4.86□□□□□ -1.631e-6■■■■■ 132.7
SF3B1O75533 MYH10-204ENST00000411957 732 ntTSL 319.36■□□□□ 0.692e-10■■■■■ 132.5
SF3B1O75533 MYH10-202ENST00000360416 7762 ntTSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.672e-10■■■■■ 132.5
SF3B1O75533 MYH10-201ENST00000269243 7662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.792e-10■■■■■ 132.5
SF3B1O75533 MYH10-203ENST00000379980 7694 ntTSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.792e-10■■■■■ 132.5
SF3B1O75533 SGK494-212ENST00000581199 866 ntTSL 1 (best)14.84□□□□□ -0.032e-6■■■■■ 132.5
SF3B1O75533 SGK494-206ENST00000526073 571 ntTSL 412.24□□□□□ -0.452e-6■■■■■ 132.5
SF3B1O75533 PI4KA-201ENST00000255882 6752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.241e-6■■■■■ 132.4
SF3B1O75533 PDXK-206ENST00000398085 796 ntTSL 323.92■■□□□ 1.425e-6■■■■■ 132.4
SF3B1O75533 PDXK-212ENST00000470029 583 ntTSL 321.27■□□□□ 0.995e-6■■■■■ 132.4
SF3B1O75533 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.651e-6■■■■■ 132.4
SF3B1O75533 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.631e-6■■■■■ 132.4
SF3B1O75533 BANP-214ENST00000466847 772 ntTSL 218.71■□□□□ 0.591e-6■■■■■ 132.4
SF3B1O75533 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.551e-6■■■■■ 132.4
SF3B1O75533 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.481e-6■■■■■ 132.4
SF3B1O75533 BANP-204ENST00000393208 2283 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.321e-6■■■■■ 132.4
SF3B1O75533 BANP-201ENST00000286122 2368 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.271e-6■■■■■ 132.4
SF3B1O75533 BANP-203ENST00000393207 2438 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.081e-6■■■■■ 132.4
SF3B1O75533 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.518e-7■■■■■ 132.3
SF3B1O75533 PAPD5-204ENST00000562717 1866 ntTSL 515.84■□□□□ 0.138e-7■■■■■ 132.3
SF3B1O75533 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.652e-6■■■■■ 132.3
SF3B1O75533 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.422e-6■■■■■ 132.3
SF3B1O75533 TRIP10-210ENST00000600428 2249 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.192e-6■■■■■ 132.3
SF3B1O75533 TRIP10-212ENST00000600677 2022 ntTSL 515.98■□□□□ 0.152e-6■■■■■ 132.3
SF3B1O75533 TRIP10-203ENST00000595305 2068 ntTSL 215.5■□□□□ 0.072e-6■■■■■ 132.3
SF3B1O75533 TRIP10-208ENST00000596758 1920 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.052e-6■■■■■ 132.3
SF3B1O75533 GDPD5-201ENST00000336898 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.134e-6■■■■■ 132.2
SF3B1O75533 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.821e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.25■■■□□ 2.591e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 MACROD1-203ENST00000538595 868 ntTSL 326.89■■□□□ 1.891e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.885e-7■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.571e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 AHCTF1-205ENST00000478568 611 ntTSL 418.31■□□□□ 0.521e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.521e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 NEPRO-218ENST00000489848 1576 ntTSL 217.49■□□□□ 0.391e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 HDAC6-236ENST00000498808 566 ntTSL 517.4■□□□□ 0.387e-9■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 HDAC6-218ENST00000470942 668 ntTSL 317.16■□□□□ 0.347e-9■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 RNF14-206ENST00000502341 684 ntTSL 215.85■□□□□ 0.132e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 RNF14-215ENST00000514620 562 ntTSL 415.75■□□□□ 0.112e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 FEM1B-201ENST00000306917 7122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.041e-7■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 FAM118A-211ENST00000477714 756 ntTSL 214.96□□□□□ -0.015e-7■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 NEPRO-205ENST00000462295 1382 ntTSL 214.95□□□□□ -0.021e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 NEPRO-211ENST00000472637 2179 ntTSL 1 (best)14.82□□□□□ -0.041e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 RNF14-209ENST00000506938 582 ntTSL 214.51□□□□□ -0.092e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 RNF14-201ENST00000347642 4213 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.45□□□□□ -0.12e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 NEPRO-214ENST00000473284 2056 ntTSL 214□□□□□ -0.171e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 HDAC6-229ENST00000486665 598 ntTSL 213.65□□□□□ -0.227e-9■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 TJP2-210ENST00000606364 591 ntTSL 413.47□□□□□ -0.254e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 RNF14-208ENST00000506822 667 ntTSL 513.45□□□□□ -0.262e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 RNF14-212ENST00000511961 938 ntTSL 313.45□□□□□ -0.262e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 RNF14-210ENST00000507163 815 ntTSL 213.4□□□□□ -0.262e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 NEPRO-207ENST00000469169 1817 ntTSL 213.26□□□□□ -0.291e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 NEPRO-208ENST00000469809 1512 ntTSL 313.08□□□□□ -0.321e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 NEPRO-201ENST00000314400 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.12□□□□□ -0.471e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 NEPRO-217ENST00000486271 2842 ntTSL 211.98□□□□□ -0.491e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 CLCN5-203ENST00000376091 3046 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.511e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 NEPRO-204ENST00000461381 1048 ntTSL 211.87□□□□□ -0.511e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 HDAC6-228ENST00000486227 4718 ntTSL 211.25□□□□□ -0.617e-9■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 FNTB-204ENST00000555372 582 ntTSL 310.9□□□□□ -0.661e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 NEPRO-212ENST00000472705 1212 ntTSL 210.03□□□□□ -0.81e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 NEPRO-202ENST00000383675 4672 ntTSL 1 (best) BASIC9.78□□□□□ -0.841e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 RNF14-205ENST00000394520 4235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.61□□□□□ -0.872e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 RNF14-203ENST00000394514 2905 ntTSL 2 BASIC8.88□□□□□ -0.992e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 RNF14-213ENST00000512565 670 ntTSL 37.53□□□□□ -1.22e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 RNF14-202ENST00000356143 3999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.39□□□□□ -1.232e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 RNF14-204ENST00000394519 4173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.08□□□□□ -1.282e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 ZMYM4-201ENST00000314607 6994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC7.01□□□□□ -1.291e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 RNF14-216ENST00000515613 753 ntTSL 36.69□□□□□ -1.342e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 CLCN5-202ENST00000376088 10108 ntTSL 2 BASIC5.56□□□□□ -1.521e-6■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 HDAC6-223ENST00000480525 412 ntTSL 35.53□□□□□ -1.527e-9■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 LMBR1-216ENST00000477983 605 ntTSL 24.42□□□□□ -1.72e-8■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 ANKRD27-208ENST00000591100 628 ntTSL 54.06□□□□□ -1.763e-9■■■■■ 132.1
SF3B1O75533 GUSBP11-205ENST00000452737 1662 ntTSL 1 (best)23.39■■□□□ 1.332e-7■■■■■ 132
SF3B1O75533 GUSBP11-201ENST00000422506 2055 ntTSL 222.81■■□□□ 1.242e-7■■■■■ 132
SF3B1O75533 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.787e-7■■■■■ 132
SF3B1O75533 LAMTOR4-201ENST00000341942 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.187e-7■■■■■ 132
SF3B1O75533 GUSBP11-204ENST00000451837 3234 ntTSL 1 (best)15.53■□□□□ 0.082e-7■■■■■ 132
SF3B1O75533 LAMTOR4-208ENST00000474831 564 ntTSL 315.08■□□□□ 07e-7■■■■■ 132
SF3B1O75533 LAMTOR4-209ENST00000488241 613 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.017e-7■■■■■ 132
SF3B1O75533 LAMTOR4-202ENST00000441173 730 ntTSL 2 BASIC14.42□□□□□ -0.17e-7■■■■■ 132
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1228.7 ms