Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
CCDC39Q9UFE4 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC39Q9UFE4 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC39Q9UFE4 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC39Q9UFE4 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC39Q9UFE4 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC39Q9UFE4 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC39Q9UFE4 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC39Q9UFE4 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC39Q9UFE4 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC39Q9UFE4 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC39Q9UFE4 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC39Q9UFE4 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC39Q9UFE4 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC39Q9UFE4 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC39Q9UFE4 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC39Q9UFE4 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC39Q9UFE4 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC39Q9UFE4 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC28.51■■■□□ 2.16
CCDC39Q9UFE4 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC39Q9UFE4 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC39Q9UFE4 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC39Q9UFE4 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC39Q9UFE4 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC39Q9UFE4 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC39Q9UFE4 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CCDC39Q9UFE4 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CCDC39Q9UFE4 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CCDC39Q9UFE4 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CCDC39Q9UFE4 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC39Q9UFE4 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC39Q9UFE4 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CCDC39Q9UFE4 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CCDC39Q9UFE4 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CCDC39Q9UFE4 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CCDC39Q9UFE4 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CCDC39Q9UFE4 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CCDC39Q9UFE4 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC28.45■■■□□ 2.15
CCDC39Q9UFE4 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.15
CCDC39Q9UFE4 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
CCDC39Q9UFE4 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
CCDC39Q9UFE4 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
CCDC39Q9UFE4 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
CCDC39Q9UFE4 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC39Q9UFE4 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC39Q9UFE4 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC39Q9UFE4 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC39Q9UFE4 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC39Q9UFE4 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC39Q9UFE4 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC39Q9UFE4 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC39Q9UFE4 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC39Q9UFE4 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC39Q9UFE4 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC39Q9UFE4 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC39Q9UFE4 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC39Q9UFE4 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC39Q9UFE4 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC39Q9UFE4 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC39Q9UFE4 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC39Q9UFE4 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC39Q9UFE4 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CCDC39Q9UFE4 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CCDC39Q9UFE4 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC39Q9UFE4 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms