Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC140Q96MF4 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC140Q96MF4 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC140Q96MF4 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC140Q96MF4 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC140Q96MF4 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC140Q96MF4 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC140Q96MF4 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC140Q96MF4 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC140Q96MF4 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC140Q96MF4 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC140Q96MF4 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC140Q96MF4 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC140Q96MF4 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC140Q96MF4 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC140Q96MF4 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC140Q96MF4 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC140Q96MF4 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC140Q96MF4 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC140Q96MF4 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC140Q96MF4 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC140Q96MF4 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC140Q96MF4 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC140Q96MF4 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC140Q96MF4 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.1 ms