Protein–RNA interactions for Protein: Q96GC9

VMP1, Vacuole membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VMP1Q96GC9 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
VMP1Q96GC9 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VMP1Q96GC9 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VMP1Q96GC9 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.2 ms