Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
HPS3Q969F9 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
HPS3Q969F9 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
HPS3Q969F9 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
HPS3Q969F9 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
HPS3Q969F9 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
HPS3Q969F9 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
HPS3Q969F9 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
HPS3Q969F9 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
HPS3Q969F9 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
HPS3Q969F9 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
HPS3Q969F9 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
HPS3Q969F9 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
HPS3Q969F9 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.03
HPS3Q969F9 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC27.7■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC27.69■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC27.66■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC27.64■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
HPS3Q969F9 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
HPS3Q969F9 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
HPS3Q969F9 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
HPS3Q969F9 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
HPS3Q969F9 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
HPS3Q969F9 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
HPS3Q969F9 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
HPS3Q969F9 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
HPS3Q969F9 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
HPS3Q969F9 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
HPS3Q969F9 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC27.6■■■□□ 2.01
HPS3Q969F9 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
HPS3Q969F9 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
HPS3Q969F9 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
HPS3Q969F9 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
HPS3Q969F9 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC27.59■■■□□ 2.01
HPS3Q969F9 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
HPS3Q969F9 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
HPS3Q969F9 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
HPS3Q969F9 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
HPS3Q969F9 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
HPS3Q969F9 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
HPS3Q969F9 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
HPS3Q969F9 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
HPS3Q969F9 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
HPS3Q969F9 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
HPS3Q969F9 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
HPS3Q969F9 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC27.56■■■□□ 2
HPS3Q969F9 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
HPS3Q969F9 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
HPS3Q969F9 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
HPS3Q969F9 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
HPS3Q969F9 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
HPS3Q969F9 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
HPS3Q969F9 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
HPS3Q969F9 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
HPS3Q969F9 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
HPS3Q969F9 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
HPS3Q969F9 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
HPS3Q969F9 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC27.54■■■□□ 2
HPS3Q969F9 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HPS3Q969F9 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HPS3Q969F9 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HPS3Q969F9 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
HPS3Q969F9 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HPS3Q969F9 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
HPS3Q969F9 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
HPS3Q969F9 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC27.52■■■□□ 2
HPS3Q969F9 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
HPS3Q969F9 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
HPS3Q969F9 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
HPS3Q969F9 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
HPS3Q969F9 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
HPS3Q969F9 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
HPS3Q969F9 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms