Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHOX2O60902 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHOX2O60902 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHOX2O60902 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHOX2O60902 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHOX2O60902 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHOX2O60902 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHOX2O60902 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHOX2O60902 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHOX2O60902 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHOX2O60902 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHOX2O60902 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHOX2O60902 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHOX2O60902 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SHOX2O60902 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHOX2O60902 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SHOX2O60902 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.2 ms