Protein–RNA interactions for Protein: Q9BXA9

SALL3, Sal-like protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,300 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SALL3Q9BXA9 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SALL3Q9BXA9 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SALL3Q9BXA9 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms