Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 CCNA1-202ENST00000440264 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms