Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SDC1P18827 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SDC1P18827 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
SDC1P18827 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SDC1P18827 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SDC1P18827 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SDC1P18827 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SDC1P18827 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SDC1P18827 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SDC1P18827 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
SDC1P18827 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SDC1P18827 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SDC1P18827 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SDC1P18827 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SDC1P18827 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SDC1P18827 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SDC1P18827 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SDC1P18827 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SDC1P18827 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SDC1P18827 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SDC1P18827 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SDC1P18827 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SDC1P18827 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SDC1P18827 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SDC1P18827 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SDC1P18827 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SDC1P18827 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SDC1P18827 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SDC1P18827 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
SDC1P18827 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
SDC1P18827 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
SDC1P18827 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
SDC1P18827 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
SDC1P18827 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
SDC1P18827 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
SDC1P18827 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
SDC1P18827 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
SDC1P18827 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
SDC1P18827 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SDC1P18827 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SDC1P18827 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SDC1P18827 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SDC1P18827 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SDC1P18827 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SDC1P18827 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SDC1P18827 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SDC1P18827 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SDC1P18827 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SDC1P18827 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
SDC1P18827 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
SDC1P18827 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SDC1P18827 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
SDC1P18827 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SDC1P18827 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
SDC1P18827 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SDC1P18827 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SDC1P18827 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SDC1P18827 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SDC1P18827 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SDC1P18827 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SDC1P18827 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
SDC1P18827 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
SDC1P18827 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
SDC1P18827 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
SDC1P18827 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
SDC1P18827 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
SDC1P18827 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
SDC1P18827 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
SDC1P18827 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
SDC1P18827 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
SDC1P18827 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
SDC1P18827 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
SDC1P18827 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
SDC1P18827 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.2 ms