Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5E6

PCDHB3, Protocadherin beta-3, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDHB3Q9Y5E6 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
PCDHB3Q9Y5E6 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
PCDHB3Q9Y5E6 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
PCDHB3Q9Y5E6 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHB3Q9Y5E6 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHB3Q9Y5E6 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHB3Q9Y5E6 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHB3Q9Y5E6 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHB3Q9Y5E6 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHB3Q9Y5E6 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHB3Q9Y5E6 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHB3Q9Y5E6 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHB3Q9Y5E6 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHB3Q9Y5E6 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHB3Q9Y5E6 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHB3Q9Y5E6 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
PCDHB3Q9Y5E6 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
PCDHB3Q9Y5E6 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDHB3Q9Y5E6 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDHB3Q9Y5E6 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDHB3Q9Y5E6 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDHB3Q9Y5E6 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDHB3Q9Y5E6 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDHB3Q9Y5E6 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDHB3Q9Y5E6 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDHB3Q9Y5E6 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDHB3Q9Y5E6 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
PCDHB3Q9Y5E6 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC24.45■■□□□ 1.51
PCDHB3Q9Y5E6 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC24.42■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
PCDHB3Q9Y5E6 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
PCDHB3Q9Y5E6 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
PCDHB3Q9Y5E6 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
PCDHB3Q9Y5E6 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
PCDHB3Q9Y5E6 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms