Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS35Q96QK1 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS35Q96QK1 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS35Q96QK1 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS35Q96QK1 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC25■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS35Q96QK1 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS35Q96QK1 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS35Q96QK1 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.2 ms