Protein–RNA interactions for Protein: Q86TS7

LINC00643, Putative UPF0730 protein encoded by LINC00643, humanhuman

Predictions only

Length 51 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00643Q86TS7 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
LINC00643Q86TS7 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC15.8■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
LINC00643Q86TS7 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.4 ms