Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHD3Q12873 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHD3Q12873 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHD3Q12873 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHD3Q12873 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHD3Q12873 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHD3Q12873 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHD3Q12873 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHD3Q12873 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHD3Q12873 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHD3Q12873 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHD3Q12873 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHD3Q12873 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHD3Q12873 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHD3Q12873 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHD3Q12873 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD3Q12873 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHD3Q12873 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHD3Q12873 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHD3Q12873 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHD3Q12873 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHD3Q12873 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHD3Q12873 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHD3Q12873 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD3Q12873 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
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