Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIM2P55344 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIM2P55344 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIM2P55344 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIM2P55344 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIM2P55344 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIM2P55344 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIM2P55344 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIM2P55344 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIM2P55344 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIM2P55344 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIM2P55344 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIM2P55344 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIM2P55344 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIM2P55344 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
LIM2P55344 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIM2P55344 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIM2P55344 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIM2P55344 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIM2P55344 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIM2P55344 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIM2P55344 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIM2P55344 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
LIM2P55344 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIM2P55344 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIM2P55344 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIM2P55344 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIM2P55344 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIM2P55344 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIM2P55344 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIM2P55344 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIM2P55344 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIM2P55344 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIM2P55344 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIM2P55344 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIM2P55344 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIM2P55344 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIM2P55344 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
LIM2P55344 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIM2P55344 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIM2P55344 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIM2P55344 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIM2P55344 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIM2P55344 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIM2P55344 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIM2P55344 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
LIM2P55344 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIM2P55344 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIM2P55344 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIM2P55344 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
LIM2P55344 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIM2P55344 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
LIM2P55344 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
LIM2P55344 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIM2P55344 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIM2P55344 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIM2P55344 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIM2P55344 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIM2P55344 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIM2P55344 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIM2P55344 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIM2P55344 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIM2P55344 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIM2P55344 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIM2P55344 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIM2P55344 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
LIM2P55344 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
LIM2P55344 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
LIM2P55344 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIM2P55344 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIM2P55344 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIM2P55344 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIM2P55344 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIM2P55344 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIM2P55344 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIM2P55344 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIM2P55344 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIM2P55344 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIM2P55344 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIM2P55344 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIM2P55344 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIM2P55344 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIM2P55344 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIM2P55344 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIM2P55344 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIM2P55344 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIM2P55344 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIM2P55344 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIM2P55344 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIM2P55344 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIM2P55344 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIM2P55344 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIM2P55344 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIM2P55344 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIM2P55344 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIM2P55344 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIM2P55344 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIM2P55344 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIM2P55344 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
LIM2P55344 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.5 ms