Protein–RNA interactions for Protein: H3BMG3

SMKR1, Small lysine-rich protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 65 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMKR1H3BMG3 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SMKR1H3BMG3 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMKR1H3BMG3 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMKR1H3BMG3 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 80.4 ms