RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000560260.5

SNX1-210, Transcript of sorting nexin 1, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene SNX1, Length 1,326 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNX1-210ENST00000560260 NISCHQ9Y2I1 1504 aa52.37■■■■■ 5.97
SNX1-210ENST00000560260 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa46.34■■■■■ 5.01
SNX1-210ENST00000560260 ABCC9O60706 1549 aa44.91■■■■■ 4.78
SNX1-210ENST00000560260 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP43.76■■■■■ 4.6
SNX1-210ENST00000560260 NACADO15069 1562 aa43.41■■■■■ 4.54
SNX1-210ENST00000560260 DCAF8L2P0C7V8 631 aa43.41■■■■■ 4.54
SNX1-210ENST00000560260 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa43.35■■■■■ 4.53
SNX1-210ENST00000560260 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa43.32■■■■■ 4.53
SNX1-210ENST00000560260 MYO15BQ96JP2 1530 aa43.31■■■■■ 4.52
SNX1-210ENST00000560260 UNC13AQ9UPW8 1703 aa42.5■■■■■ 4.39
SNX1-210ENST00000560260 SCRIBQ14160 1630 aa42.38■■■■■ 4.37
SNX1-210ENST00000560260 BICRAQ9NZM4 1560 aa42.14■■■■■ 4.34
SNX1-210ENST00000560260 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP42■■■■■ 4.31
SNX1-210ENST00000560260 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa41.66■■■■■ 4.26
SNX1-210ENST00000560260 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP40.94■■■■■ 4.14
SNX1-210ENST00000560260 DNAJC5BQ9UF47 199 aa40.8■■■■■ 4.12
SNX1-210ENST00000560260 CECR2Q9BXF3 1484 aa40.79■■■■■ 4.12
SNX1-210ENST00000560260 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa40.65■■■■■ 4.1
SNX1-210ENST00000560260 SMARCA4P51532 1647 aa40.56■■■■■ 4.08
SNX1-210ENST00000560260 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP40.52■■■■■ 4.08
SNX1-210ENST00000560260 MROH2BQ7Z745 1585 aa40.41■■■■■ 4.06
SNX1-210ENST00000560260 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa40.19■■■■■ 4.02
SNX1-210ENST00000560260 PEG3Q9GZU2 1588 aa40.14■■■■■ 4.02
SNX1-210ENST00000560260 SMARCA2P51531 1590 aa40.13■■■■■ 4.01
SNX1-210ENST00000560260 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP40.08■■■■■ 4.01
SNX1-210ENST00000560260 NCAPD3P42695 1498 aa40.06■■■■■ 4
SNX1-210ENST00000560260 WIZO95785 1651 aa40■■■■□ 3.99
SNX1-210ENST00000560260 HMGXB3Q12766 1538 aa39.94■■■■□ 3.98
SNX1-210ENST00000560260 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP39.86■■■■□ 3.97
SNX1-210ENST00000560260 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP39.58■■■■□ 3.93
SNX1-210ENST00000560260 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP39.34■■■■□ 3.89
SNX1-210ENST00000560260 CCDC88BA6NC98 1476 aa39.09■■■■□ 3.85
SNX1-210ENST00000560260 NESP48681 1621 aa39.04■■■■□ 3.84
SNX1-210ENST00000560260 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa38.93■■■■□ 3.82
SNX1-210ENST00000560260 CADPSQ9ULU8 1353 aa38.89■■■■□ 3.82
SNX1-210ENST00000560260 CFTRP13569 1480 aa38.8■■■■□ 3.8
SNX1-210ENST00000560260 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa38.6■■■■□ 3.77
SNX1-210ENST00000560260 ERCC6Q03468 1493 aa38.59■■■■□ 3.77
SNX1-210ENST00000560260 PRDM2Q13029 1718 aa38.59■■■■□ 3.77
SNX1-210ENST00000560260 PDS5BQ9NTI5 1447 aa38.59■■■■□ 3.77
SNX1-210ENST00000560260 FANCD2Q9BXW9 1451 aa38.5■■■■□ 3.75
SNX1-210ENST00000560260 CEP164Q9UPV0 1460 aa38.39■■■■□ 3.74
SNX1-210ENST00000560260 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP38.37■■■■□ 3.73
SNX1-210ENST00000560260 MRC2Q9UBG0 1479 aa38.25■■■■□ 3.71
SNX1-210ENST00000560260 WDR62O43379 1518 aa38.14■■■■□ 3.7
SNX1-210ENST00000560260 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP38.13■■■■□ 3.7
SNX1-210ENST00000560260 CUX2O14529 1486 aa38.03■■■■□ 3.68
SNX1-210ENST00000560260 TOPBP1Q92547 1522 aa37.96■■■■□ 3.67
SNX1-210ENST00000560260 DNMBPQ6XZF7 1577 aa37.95■■■■□ 3.67
SNX1-210ENST00000560260 CUX1P39880 1505 aa37.88■■■■□ 3.66
SNX1-210ENST00000560260 ABCC8Q09428 1581 aa37.87■■■■□ 3.65
SNX1-210ENST00000560260 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP37.74■■■■□ 3.63
SNX1-210ENST00000560260 SYNJ1O43426 1573 aa37.72■■■■□ 3.63
SNX1-210ENST00000560260 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP37.67■■■■□ 3.62
SNX1-210ENST00000560260 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa37.67■■■■□ 3.62
SNX1-210ENST00000560260 FGD5Q6ZNL6 1462 aa37.65■■■■□ 3.62
SNX1-210ENST00000560260 TOP2BQ02880 1626 aa37.64■■■■□ 3.62
SNX1-210ENST00000560260 IFT140Q96RY7 1462 aa37.56■■■■□ 3.6
SNX1-210ENST00000560260 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP37.54■■■■□ 3.6
SNX1-210ENST00000560260 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa37.51■■■■□ 3.6
SNX1-210ENST00000560260 SOGA1O94964 1423 aa37.45■■■■□ 3.59
SNX1-210ENST00000560260 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP37.43■■■■□ 3.58
SNX1-210ENST00000560260 WDR97A6NE52 1622 aa37.38■■■■□ 3.57
SNX1-210ENST00000560260 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP37.31■■■■□ 3.56
SNX1-210ENST00000560260 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa37.29■■■■□ 3.56
SNX1-210ENST00000560260 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP37.22■■■■□ 3.556e-7■■■■■ 31.9
SNX1-210ENST00000560260 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP37.21■■■■□ 3.55
SNX1-210ENST00000560260 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa37.15■■■■□ 3.54
SNX1-210ENST00000560260 TRIM41Q8WV44 630 aa37.08■■■■□ 3.53
SNX1-210ENST00000560260 GAPVD1Q14C86 1478 aa37.05■■■■□ 3.52
SNX1-210ENST00000560260 PBRM1Q86U86 1689 aa37.02■■■■□ 3.52
SNX1-210ENST00000560260 CHIC1Q5VXU3 224 aa37.02■■■■□ 3.52
SNX1-210ENST00000560260 GRIN2BQ13224 1484 aa36.97■■■■□ 3.51
SNX1-210ENST00000560260 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa36.92■■■■□ 3.5
SNX1-210ENST00000560260 KIF27Q86VH2 1401 aa36.88■■■■□ 3.49
SNX1-210ENST00000560260 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP36.83■■■■□ 3.49
SNX1-210ENST00000560260 ERICH3Q5RHP9 1530 aa36.82■■■■□ 3.49
SNX1-210ENST00000560260 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa36.81■■■■□ 3.48
SNX1-210ENST00000560260 ADAMTS12P58397 1594 aa36.77■■■■□ 3.48
SNX1-210ENST00000560260 CHD1O14646 1710 aa36.74■■■■□ 3.47
SNX1-210ENST00000560260 IGF1RP08069 1367 aa36.7■■■■□ 3.47
SNX1-210ENST00000560260 SYNJ2O15056 1496 aa36.68■■■■□ 3.46
SNX1-210ENST00000560260 FHAD1B1AJZ9 1412 aa36.63■■■■□ 3.46
SNX1-210ENST00000560260 CUL7Q14999 1698 aa36.59■■■■□ 3.45
SNX1-210ENST00000560260 FBLN2P98095 1184 aa36.58■■■■□ 3.45
SNX1-210ENST00000560260 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP36.54■■■■□ 3.44
SNX1-210ENST00000560260 GRIN2AQ12879 1464 aa36.53■■■■□ 3.44
SNX1-210ENST00000560260 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa36.47■■■■□ 3.43
SNX1-210ENST00000560260 EEA1Q15075 1411 aa36.46■■■■□ 3.43
SNX1-210ENST00000560260 OSCARQ8IYS5 282 aa36.44■■■■□ 3.42
SNX1-210ENST00000560260 CEP170Q5SW79 1584 aa36.39■■■■□ 3.42
SNX1-210ENST00000560260 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP36.36■■■■□ 3.41
SNX1-210ENST00000560260 NUP160Q12769 1436 aa36.36■■■■□ 3.41
SNX1-210ENST00000560260 PRXQ9BXM0 1461 aa36.36■■■■□ 3.41
SNX1-210ENST00000560260 CLASP1Q7Z460 1538 aa36.36■■■■□ 3.41
SNX1-210ENST00000560260 CSRNP3Q8WYN3 585 aa36.34■■■■□ 3.41
SNX1-210ENST00000560260 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa36.32■■■■□ 3.41
SNX1-210ENST00000560260 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa36.26■■■■□ 3.39
SNX1-210ENST00000560260 KIF21BO75037 1637 aa36.14■■■■□ 3.38
SNX1-210ENST00000560260 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa36.08■■■■□ 3.37
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