RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000538333.3

LIMK1-208, Transcript of LIM domain kinase 1, humanhuman

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Gene LIMK1, Length 2,170 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMK1-208ENST00000538333 NISCHQ9Y2I1 1504 aa30.35■■■□□ 2.45
LIMK1-208ENST00000538333 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa26.13■■□□□ 1.77
LIMK1-208ENST00000538333 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP25.63■■□□□ 1.69
LIMK1-208ENST00000538333 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa25.28■■□□□ 1.64
LIMK1-208ENST00000538333 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa25.04■■□□□ 1.6
LIMK1-208ENST00000538333 DCAF8L2P0C7V8 631 aa24.88■■□□□ 1.57
LIMK1-208ENST00000538333 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP24.6■■□□□ 1.53
LIMK1-208ENST00000538333 MYO15BQ96JP2 1530 aa24.5■■□□□ 1.51
LIMK1-208ENST00000538333 ABCC9O60706 1549 aa24.25■■□□□ 1.47
LIMK1-208ENST00000538333 SCRIBQ14160 1630 aa24.19■■□□□ 1.46
LIMK1-208ENST00000538333 NACADO15069 1562 aa24.17■■□□□ 1.46
LIMK1-208ENST00000538333 CHIC1Q5VXU3 224 aa23.88■■□□□ 1.41
LIMK1-208ENST00000538333 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa23.82■■□□□ 1.4
LIMK1-208ENST00000538333 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP23.81■■□□□ 1.4
LIMK1-208ENST00000538333 CECR2Q9BXF3 1484 aa23.6■■□□□ 1.37
LIMK1-208ENST00000538333 MROH2BQ7Z745 1585 aa23.52■■□□□ 1.36
LIMK1-208ENST00000538333 UNC13AQ9UPW8 1703 aa23.5■■□□□ 1.35
LIMK1-208ENST00000538333 WIZO95785 1651 aa23.37■■□□□ 1.33
LIMK1-208ENST00000538333 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP23.35■■□□□ 1.33
LIMK1-208ENST00000538333 SMARCA4P51532 1647 aa23.21■■□□□ 1.31
LIMK1-208ENST00000538333 BICRAQ9NZM4 1560 aa23.19■■□□□ 1.3
LIMK1-208ENST00000538333 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP23.07■■□□□ 1.28
LIMK1-208ENST00000538333 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa23.03■■□□□ 1.28
LIMK1-208ENST00000538333 TRIM41Q8WV44 630 aa23.03■■□□□ 1.28
LIMK1-208ENST00000538333 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP23.02■■□□□ 1.28
LIMK1-208ENST00000538333 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP22.99■■□□□ 1.27
LIMK1-208ENST00000538333 SMARCA2P51531 1590 aa22.92■■□□□ 1.26
LIMK1-208ENST00000538333 CCDC88BA6NC98 1476 aa22.88■■□□□ 1.25
LIMK1-208ENST00000538333 PEG3Q9GZU2 1588 aa22.88■■□□□ 1.25
LIMK1-208ENST00000538333 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP22.69■■□□□ 1.22
LIMK1-208ENST00000538333 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa22.67■■□□□ 1.22
LIMK1-208ENST00000538333 ABCC8Q09428 1581 aa22.65■■□□□ 1.22
LIMK1-208ENST00000538333 PCGF6Q9BYE7 350 aa22.61■■□□□ 1.21
LIMK1-208ENST00000538333 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP22.55■■□□□ 1.2
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LIMK1-208ENST00000538333 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP22.39■■□□□ 1.18
LIMK1-208ENST00000538333 EHMT2Q96KQ7 1210 aa22.39■■□□□ 1.17
LIMK1-208ENST00000538333 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP22.36■■□□□ 1.17
LIMK1-208ENST00000538333 HMGXB3Q12766 1538 aa22.35■■□□□ 1.17
LIMK1-208ENST00000538333 SOGA1O94964 1423 aa22.34■■□□□ 1.17
LIMK1-208ENST00000538333 NCAPD3P42695 1498 aa22.34■■□□□ 1.17
LIMK1-208ENST00000538333 EEA1Q15075 1411 aa22.32■■□□□ 1.16
LIMK1-208ENST00000538333 SYNJ1O43426 1573 aa22.3■■□□□ 1.16
LIMK1-208ENST00000538333 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa22.25■■□□□ 1.15
LIMK1-208ENST00000538333 CSRNP3Q8WYN3 585 aa22.18■■□□□ 1.14
LIMK1-208ENST00000538333 TNIKQ9UKE5 1360 aa22.13■■□□□ 1.13
LIMK1-208ENST00000538333 TOP2BQ02880 1626 aa22.12■■□□□ 1.13
LIMK1-208ENST00000538333 CEP162Q5TB80 1403 aa22.09■■□□□ 1.13
LIMK1-208ENST00000538333 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa22.09■■□□□ 1.13
LIMK1-208ENST00000538333 GOLGA3Q08378 1498 aa22.08■■□□□ 1.12
LIMK1-208ENST00000538333 KIF21BO75037 1637 aa22.05■■□□□ 1.12
LIMK1-208ENST00000538333 CFTRP13569 1480 aa22.03■■□□□ 1.12
LIMK1-208ENST00000538333 CEP164Q9UPV0 1460 aa22.01■■□□□ 1.11
LIMK1-208ENST00000538333 PRDM2Q13029 1718 aa21.97■■□□□ 1.11
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LIMK1-208ENST00000538333 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa21.93■■□□□ 1.1
LIMK1-208ENST00000538333 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP21.92■■□□□ 1.1
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LIMK1-208ENST00000538333 ERICH3Q5RHP9 1530 aa21.77■■□□□ 1.08
LIMK1-208ENST00000538333 PRXQ9BXM0 1461 aa21.77■■□□□ 1.08
LIMK1-208ENST00000538333 CLIP1P30622 1438 aa21.76■■□□□ 1.07
LIMK1-208ENST00000538333 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP21.76■■□□□ 1.07
LIMK1-208ENST00000538333 KIF27Q86VH2 1401 aa21.71■■□□□ 1.07
LIMK1-208ENST00000538333 VPS8Q8N3P4 1428 aa21.66■■□□□ 1.06
LIMK1-208ENST00000538333 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP21.59■■□□□ 1.05
LIMK1-208ENST00000538333 FANCD2Q9BXW9 1451 aa21.59■■□□□ 1.05
LIMK1-208ENST00000538333 FGD5Q6ZNL6 1462 aa21.58■■□□□ 1.05
LIMK1-208ENST00000538333 CUX2O14529 1486 aa21.55■■□□□ 1.04
LIMK1-208ENST00000538333 ARAP1Q96P48 1450 aa21.51■■□□□ 1.03
LIMK1-208ENST00000538333 NESP48681 1621 aa21.5■■□□□ 1.03
LIMK1-208ENST00000538333 IGF1RP08069 1367 aa21.5■■□□□ 1.03
LIMK1-208ENST00000538333 DNMBPQ6XZF7 1577 aa21.5■■□□□ 1.03
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LIMK1-208ENST00000538333 TOPBP1Q92547 1522 aa21.44■■□□□ 1.02
LIMK1-208ENST00000538333 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP21.4■■□□□ 1.02
LIMK1-208ENST00000538333 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP21.39■■□□□ 1.02
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LIMK1-208ENST00000538333 WDR97A6NE52 1622 aa21.3■■□□□ 1
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LIMK1-208ENST00000538333 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP21.2■□□□□ 0.98
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LIMK1-208ENST00000538333 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP21.08■□□□□ 0.97
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