RNA–Protein interactions for RNA: YJL029C

VPS53, Transcript of Component of the GARP (Golgi-associated retrograde protein) complex, yeast

Gene VPS53, Length 2,469 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VPS53	YJL029C	SCW4	P53334	386 aa	Known RBP	3	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	YNR064C	P53750	290 aa		3	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	ENA2	Q01896	1091 aa		3	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	ARR2	Q06597	130 aa		3	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	PRP11	Q07350	266 aa	Predicted RBP	3	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	ENA5	Q12691	1091 aa		3	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	PAU2	P32612	120 aa		2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	SEC66	P33754	206 aa		2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	TMA19	P35691	167 aa	Known RBP	2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	SWD2	P36104	329 aa	Predicted RBP	2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	MRPL36	P36531	177 aa		2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	PAU24	P38155	120 aa		2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	TCM62	P38228	572 aa	Known RBP	2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	SMB1	P40018	196 aa	Known RBP	2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	RTT105	P40063	208 aa		2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	YAE1	P47118	141 aa	Predicted RBP	2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	AVT4	P50944	713 aa		2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	ARG5,6	Q01217	863 aa		2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	SPO19	Q03029	223 aa		2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	UPS1	Q05776	175 aa		2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	GSH2	Q08220	491 aa		2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	YPR1	Q12458	312 aa		2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	BPH1	P25356	2167 aa		2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	KIN28	P06242	306 aa		2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	MRPS28	P21771	286 aa		2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	FUN26	P31381	517 aa		2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	TIF3	P34167	436 aa	Known RBP	2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	MTH1	P35198	433 aa		2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	SFK1	P35735	353 aa		2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	YBR137W	P38276	179 aa		2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	SSH1	P38353	490 aa	Known RBP	2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	PRM5	P40476	318 aa		2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	GVP36	P40531	326 aa	Known RBP	2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	SSN8	P47821	323 aa		2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	POP6	P53218	158 aa		2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	YMR317W	Q04893	1140 aa		2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	CSI2	Q08054	341 aa		2.99	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	CDC28	P00546	298 aa	Known RBP	2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	PEX4	P29340	183 aa		2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	SNC2	P33328	115 aa		2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	PEX7	P39108	375 aa		2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	RMD6	P39975	231 aa		2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	CCS1	P40202	249 aa	Known RBP	2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	TIR3	P40552	269 aa		2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	PXR1	P53335	271 aa	Predicted RBP	2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	ASI3	P53983	676 aa		2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	TMA20	P89886	181 aa	Predicted RBP	2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	RRP17	Q04031	235 aa	Predicted RBP	2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	HLR1	Q04429	423 aa		2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	ADH6	Q04894	360 aa	Known RBP	2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	LIP2	Q06005	328 aa		2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	FRE8	Q12209	686 aa		2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	YCL048W-A	Q2V2Q2	79 aa		2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	GDH1	P07262	454 aa	Known RBP	2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	VMA11	P32842	164 aa		2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	SOR1	P35497	357 aa	Known RBP	2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	NAT2	P37293	288 aa		2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	ECM31	P38122	312 aa		2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	PAC2	P39937	518 aa		2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	PDS1	P40316	373 aa	Predicted RBP	2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	MRX5	P47007	382 aa		2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	TDA1	Q03533	586 aa		2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	MSS11	Q03825	758 aa		2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	ASM4	Q05166	528 aa		2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	SOR2	Q07786	357 aa		2.98	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	UTP20	P35194	2493 aa	Known RBP	2.97	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	DIF1	O13577	133 aa		2.97	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	RPL39	P04650	51 aa		2.97	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	RFA3	P26755	122 aa	Known RBP	2.97	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	ZRT3	P34240	503 aa		2.97	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	YKL102C	P34249	101 aa		2.97	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	CPR5	P35176	225 aa		2.97	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	FMC1	P40491	155 aa		2.97	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	LYS20	P48570	428 aa	Known RBP	2.97	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	YPL108W	Q02872	168 aa	Predicted RBP	2.97	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	ATG17	Q06410	417 aa		2.97	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	FCY22	Q12119	530 aa		2.97	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	LYS21	Q12122	440 aa	Known RBP	2.97	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	ORT1	Q12375	292 aa		2.97	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	PRY2	P36110	329 aa		2.97	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	PRS2	P38620	318 aa	Known RBP	2.97	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	SYS1	P41544	203 aa		2.97	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	GON7	P46984	123 aa		2.97	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	EFM3	P47163	339 aa		2.97	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	MRH4	P53166	561 aa		2.97	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	RNH201	P53942	307 aa		2.97	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	GRX5	Q02784	150 aa		2.97	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	IRC25	Q07951	179 aa		2.97	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	RBD2	Q12270	262 aa		2.97	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	DYN1	P36022	4092 aa		2.96	□□□□□ -1.93
VPS53	YJL029C	SIR2	P06700	562 aa		2.96	□□□□□ -1.94
VPS53	YJL029C	CHO1	P08456	276 aa		2.96	□□□□□ -1.94
VPS53	YJL029C	ATP10	P18496	279 aa		2.96	□□□□□ -1.94
VPS53	YJL029C	PCL1	P24867	279 aa		2.96	□□□□□ -1.94
VPS53	YJL029C	IFM1	P25038	676 aa		2.96	□□□□□ -1.94
VPS53	YJL029C	ACH1	P32316	526 aa		2.96	□□□□□ -1.94
VPS53	YJL029C	SHE2	P36068	246 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.96	□□□□□ -1.94	not detected
VPS53	YJL029C	YND1	P40009	630 aa		2.96	□□□□□ -1.94
VPS53	YJL029C	SLM1	P40485	686 aa		2.96	□□□□□ -1.94
VPS53	YJL029C	BUD8	P41698	603 aa		2.96	□□□□□ -1.94

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