RNA–Protein interactions for RNA: YLR211C

ATG38, Transcript of Homodimeric subunit of autophagy-specific PtdIns-3-kinase complex I, yeast

Gene ATG38, Length 681 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
ATG38	YLR211C	ARG4	P04076	463 aa	Predicted RBP	2.79	□□□□□ -1.96
ATG38	YLR211C	MET17	P06106	444 aa		2.79	□□□□□ -1.96
ATG38	YLR211C	GPH1	P06738	902 aa	Known RBP	2.79	□□□□□ -1.96
ATG38	YLR211C	CTR86	P25355	563 aa		2.79	□□□□□ -1.96
ATG38	YLR211C	GAB1	P41733	394 aa		2.79	□□□□□ -1.96
ATG38	YLR211C	SUB1	P54000	292 aa	Known RBP	2.79	□□□□□ -1.96
ATG38	YLR211C	RPA49	Q01080	415 aa	Predicted RBP	2.79	□□□□□ -1.96
ATG38	YLR211C	GEX1	P25596	615 aa		2.78	□□□□□ -1.96
ATG38	YLR211C	SIN4	P32259	974 aa		2.78	□□□□□ -1.96
ATG38	YLR211C	VHC1	P38329	1120 aa		2.78	□□□□□ -1.96
ATG38	YLR211C	YHR054C	P38780	354 aa		2.78	□□□□□ -1.96
ATG38	YLR211C	UTP18	P40362	594 aa	Predicted RBP	2.78	□□□□□ -1.96
ATG38	YLR211C	IRC25	Q07951	179 aa		2.78	□□□□□ -1.96
ATG38	YLR211C	CUE5	Q08412	411 aa	Known RBP	2.78	□□□□□ -1.96
ATG38	YLR211C	YRM1	Q12340	786 aa		2.78	□□□□□ -1.96
ATG38	YLR211C	RPL3	P14126	387 aa	Known RBP	2.77	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	ESL1	P40456	1118 aa		2.77	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	YJR011C	P47086	261 aa	Predicted RBP	2.77	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	YJR085C	P47131	105 aa	Known RBP	2.77	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	HMS2	P47175	358 aa		2.77	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	AZR1	P50080	613 aa		2.77	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	GIR2	Q03768	265 aa	Predicted RBP	2.77	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	SGT1	Q08446	395 aa		2.77	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	YOL159C-A	Q3E769	90 aa		2.77	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	SPO12	P17123	173 aa		2.76	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	ROX1	P25042	368 aa		2.76	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	AIM10	P39965	576 aa	Known RBP	2.76	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	JLP2	P40206	208 aa		2.76	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	IRC6	P43615	237 aa		2.76	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	PHB2	P50085	310 aa		2.76	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	MDG1	P53885	366 aa		2.76	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	VPS72	Q03388	795 aa		2.76	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	SKI7	Q08491	747 aa	Predicted RBP	2.76	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	PLP2	Q12017	286 aa		2.76	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	RRI2	Q12348	645 aa		2.76	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	SNT1	P25357	1226 aa		2.75	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	NPL6	P32832	435 aa		2.75	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	SLX1	P38324	304 aa		2.75	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	ARF3	P40994	183 aa	RIP-Chip data	2.75	□□□□□ -1.97	not detected
ATG38	YLR211C	BET5	Q03630	159 aa		2.75	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	CKA1	P15790	372 aa		2.74	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	RML2	P32611	393 aa		2.74	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	HCS1	P34243	683 aa		2.74	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	MIG3	P39943	394 aa		2.74	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	RHO5	P53879	331 aa	Known RBP	2.74	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	YDL121C	Q07541	149 aa		2.74	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	IZH2	Q12442	317 aa		2.74	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	KRE2	P27809	442 aa		2.73	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	HIR2	P32480	875 aa		2.73	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	SOR1	P35497	357 aa	Known RBP	2.73	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	RPS0B	P46654	252 aa	Known RBP	2.73	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	DLD2	P46681	530 aa	Known RBP	2.73	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	MDE1	P47095	244 aa		2.73	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	GPI15	P53961	229 aa		2.73	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	RNY1	Q02933	434 aa	Known RBP	2.73	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	BCH1	Q05029	724 aa		2.73	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	VTA1	Q06263	330 aa		2.73	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	SOR2	Q07786	357 aa		2.73	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	RKM1	Q08961	583 aa	Predicted RBP	2.73	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	RHB1	P25378	209 aa		2.72	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	BEM1	P29366	551 aa		2.72	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	SAS3	P34218	831 aa		2.72	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	APE3	P37302	537 aa	Known RBP	2.72	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	SBE22	P38814	852 aa		2.72	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	UTP9	P38882	575 aa	Known RBP	2.72	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	YAL037W	P39728	267 aa		2.72	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	SRL2	Q12020	392 aa		2.72	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	PGA3	Q12746	312 aa	Known RBP	2.72	□□□□□ -1.97
ATG38	YLR211C	SMY1	P32364	656 aa	Known RBP	2.71	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	MID2	P36027	376 aa		2.71	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	REX4	Q08237	289 aa		2.71	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	VAM3	Q12241	283 aa		2.71	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	MRP7	P12687	371 aa		2.7	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	ARA1	P38115	344 aa		2.7	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	OTU2	P38747	307 aa	Known RBP	2.7	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	PCF11	P39081	626 aa	Predicted RBP	2.7	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	SFH5	P47008	294 aa		2.7	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	FMS1	P50264	508 aa		2.7	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	MNP1	P53163	194 aa	Predicted RBP	2.7	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	NUP116	Q02630	1113 aa		2.7	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	OAZ1	Q02803	292 aa		2.7	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	GIP3	Q03016	1276 aa		2.7	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	TAF12	Q03761	539 aa		2.7	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	RTN2	Q12443	393 aa		2.7	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	YBL111C	Q3E7Y5	667 aa		2.7	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	ERG3	P32353	365 aa		2.69	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	BAT1	P38891	393 aa	Known RBP	2.69	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	PHO86	P46956	311 aa		2.69	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	MRPL19	P53875	158 aa		2.69	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	ARX1	Q03862	593 aa	Known RBP	2.69	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	SNT309	Q06091	175 aa	Predicted RBP	2.69	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	ISN1	Q99312	450 aa		2.69	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	PHA2	P32452	334 aa		2.68	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	NAB3	P38996	802 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.68	□□□□□ -1.98	not detected
ATG38	YLR211C	PGU1	P47180	361 aa		2.68	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	TAF11	Q04226	346 aa		2.68	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	CCH1	P50077	2039 aa		2.68	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	SCEI	P03882	235 aa		2.67	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	NAM2	P11325	894 aa		2.67	□□□□□ -1.98
ATG38	YLR211C	SPO7	P18410	259 aa		2.67	□□□□□ -1.98

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