RNA–Protein interactions for RNA: YLL011W

SOF1, Transcript of Protein required for biogenesis of 40S (small) ribosomal subunit, yeast

Gene SOF1, Length 1,470 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SOF1	YLL011W	UIP5	P36137	443 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	COS111	P38308	924 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	YHR218W	P38899	603 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	YJL193W	P39542	402 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	TMN3	P40071	706 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	PCL7	P40186	285 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	FDC1	Q03034	503 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	ARX1	Q03862	593 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	DPB4	Q04603	196 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	ROY1	Q04847	553 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	YEH1	Q07804	573 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	YPT6	Q99260	215 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	YSP2	Q06681	1438 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	DFR1	P07807	211 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.56	□□□□□ -1.68	not detected
SOF1	YLL011W	LAT1	P12695	482 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	YCR015C	P25616	317 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	URK1	P27515	501 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	DSS4	P32601	143 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	SWH1	P35845	1188 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	SIF2	P38262	535 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	RPP1	P38786	293 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	LRO1	P40345	661 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	IME4	P41833	600 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	MAF1	P41910	395 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	YGL036W	P53185	909 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	MTL1	P53214	551 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	YGR066C	P53242	292 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	MRPS35	P53292	345 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	TOF1	P53840	1238 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	ADA2	Q02336	434 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	MTG1	Q03151	367 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	CRF1	Q04930	467 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	YFT2	Q06676	274 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	FEN2	P25621	512 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	TFB1	P32776	642 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	GEX2	P36173	615 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	TAT1	P38085	619 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	POL12	P38121	705 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	CST26	P38226	397 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	YHR097C	P38809	366 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	ATF1	P40353	525 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	MET12	P46151	657 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	ARI1	P53111	347 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	SLU7	Q02775	382 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	GRX3	Q03835	250 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	CTK1	Q03957	528 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	GTB1	Q04924	702 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	MRD1	Q06106	887 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	RGC1	Q06108	1083 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	YLR456W	Q06199	204 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	MMR1	Q06324	491 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	ARR3	Q06598	404 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	PEX19	Q07418	342 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	ATG29	Q12092	213 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	SWT1	Q12104	458 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	RPN5	Q12250	445 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	SKS1	Q12505	502 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	SEC7	P11075	2009 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	CAF20	P12962	161 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	CPR2	P23285	205 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	PRP28	P23394	588 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	PEX1	P24004	1043 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	MSP1	P28737	362 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	KES1	P35844	434 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	YHR054C	P38780	354 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	CCT6	P39079	546 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	AFG3	P39925	761 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	RTT105	P40063	208 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	SEC24	P40482	926 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	CTH1	P47976	325 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	NCS6	P53088	359 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	RPA49	Q01080	415 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	EFR3	Q03653	782 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	YDR239C	Q03780	787 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	CTF3	Q12748	733 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	YCR061W	P25639	631 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	GYP6	P32806	458 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	RIB7	P33312	244 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	HEL1	P36113	551 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	MUP3	P38734	546 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	OTU2	P38747	307 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	BUD16	P39988	312 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	FET5	P43561	622 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	PRY1	P47032	299 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	RFX1	P48743	811 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	YGR054W	P53235	642 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	HST1	P53685	503 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	YNR068C	P53754	272 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	LAP3	Q01532	483 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.53	□□□□□ -1.68	not detected
SOF1	YLL011W	ROT1	Q03691	256 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	VPS38	Q05919	439 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	YDL073W	Q07454	984 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	LUC7	Q07508	261 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	APL4	Q12028	832 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SOF1	YLL011W	YBR085C-A	O43137	85 aa		4.52	□□□□□ -1.69
SOF1	YLL011W	GAL80	P04387	435 aa		4.52	□□□□□ -1.69
SOF1	YLL011W	HIS5	P07172	385 aa		4.52	□□□□□ -1.69
SOF1	YLL011W	YML003W	P0CF16	290 aa		4.52	□□□□□ -1.69
SOF1	YLL011W	YML002W	P0CF17	737 aa		4.52	□□□□□ -1.69
SOF1	YLL011W	EST1	P17214	699 aa	Predicted RBP	4.52	□□□□□ -1.69

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