RNA–Protein interactions for RNA: YLR018C

POM34, Transcript of Subunit of the transmembrane ring of the nuclear pore complex (NPC), yeast

Gene POM34, Length 900 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
POM34	YLR018C	PSP2	P50109	593 aa	Known RBP	10.87	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	MDR1	P53258	950 aa		10.87	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	VPS75	P53853	264 aa		10.87	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	ROD1	Q02805	837 aa		10.87	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	SPO75	Q07798	868 aa		10.87	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	MED1	Q12321	566 aa		10.87	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	MAK16	P10962	306 aa	Predicted RBP	10.86	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	MAS2	P11914	482 aa		10.86	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	CYC8	P14922	966 aa		10.86	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	DBP1	P24784	617 aa	Known RBP	10.86	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	IRE1	P32361	1115 aa		10.86	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	YSC83	P32792	385 aa		10.86	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	SHM1	P37292	490 aa	Predicted RBP	10.86	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	RTT107	P38850	1070 aa		10.86	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	UBP5	P39944	805 aa		10.86	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	RRD1	P40454	393 aa	Known RBP	10.86	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	VID30	P53076	958 aa		10.86	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	BRE5	P53741	515 aa	Known RBP	10.86	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	PHO8	P11491	566 aa		10.85	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	RPC53	P25441	422 aa		10.85	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	NAM7	P30771	971 aa	Known RBP	10.85	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	EAF5	P39995	279 aa		10.85	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	COQ9	Q05779	260 aa		10.85	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	COG4	Q06096	861 aa		10.85	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	CUR1	Q06469	252 aa		10.85	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	ICL2	Q12031	575 aa		10.85	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	PHO13	P19881	312 aa		10.84	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	KIN82	P25341	720 aa		10.84	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	COT1	P32798	439 aa		10.84	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	VPS35	P34110	944 aa		10.84	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	LEO1	P38439	464 aa		10.84	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	KSP1	P38691	1029 aa	Known RBP	10.84	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	SKP2	P42843	763 aa		10.84	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	ACF4	P47129	309 aa		10.84	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	STR2	P47164	639 aa		10.84	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	CAF130	P53280	1122 aa	Predicted RBP	10.84	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	CWC2	Q12046	339 aa	Predicted RBP	10.84	□□□□□ -0.67
POM34	YLR018C	SPO11	P23179	398 aa		10.83	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	SSD1	P24276	1250 aa	Known RBP RIP-Chip data	10.83	□□□□□ -0.68	not detected
POM34	YLR018C	BCS1	P32839	456 aa		10.83	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	TIM23	P32897	222 aa		10.83	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	MFT1	P33441	392 aa	Known RBP	10.83	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	YJR107W	P47145	328 aa		10.83	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	TAM41	P53230	385 aa		10.83	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	RTT102	P53330	157 aa		10.83	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	GIR2	Q03768	265 aa	Predicted RBP	10.83	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	UBC1	P21734	215 aa	Known RBP	10.82	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	EFT1	P32324	842 aa	Known RBP	10.82	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	RME1	P32338	300 aa	Known RBP	10.82	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	MNR2	P35724	969 aa		10.82	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	GPT2	P36148	743 aa		10.82	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	PXL1	P36166	706 aa		10.82	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	MLH2	Q07980	695 aa		10.82	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	IES4	Q08561	116 aa		10.82	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	APL4	Q12028	832 aa		10.82	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	OSW2	Q12202	724 aa		10.82	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	SUT2	Q12286	268 aa		10.82	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	YOR131C	Q12486	218 aa		10.82	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	SSB1	P11484	613 aa	Known RBP	10.81	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	CHS2	P14180	963 aa		10.81	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	APL1	P27351	700 aa		10.81	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	MNN4	P36044	1178 aa		10.81	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	SSB2	P40150	613 aa	Known RBP	10.81	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	LCB2	P40970	561 aa		10.81	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	TPO2	P53283	614 aa		10.81	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	DAK1	P54838	584 aa	Known RBP	10.81	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	ULP1	Q02724	621 aa		10.81	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	YDR090C	Q03193	310 aa		10.81	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	MSC2	Q03455	724 aa		10.81	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	FAL1	Q12099	399 aa	Known RBP	10.81	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	ATG9	Q12142	997 aa		10.81	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	RRP6	Q12149	733 aa	Known RBP	10.81	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	SWI6	P09959	803 aa		10.8	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	SMY2	P32909	740 aa	Known RBP	10.8	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	SAD1	P43589	448 aa		10.8	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	PRY3	P47033	881 aa		10.8	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	HFM1	P51979	1187 aa		10.8	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	YNL146W	P53906	100 aa		10.8	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	YLR287C	Q05881	355 aa		10.8	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	ATG11	Q12527	1178 aa		10.8	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	GUA1	P38625	525 aa	Known RBP	10.79	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	OSW7	P43611	510 aa		10.79	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	TIM8	P57744	87 aa		10.79	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	VTC3	Q02725	835 aa		10.79	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	UME1	Q03010	460 aa		10.79	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	UTP14	Q04500	899 aa	Known RBP	10.79	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	RRP43	P25359	394 aa	Predicted RBP	10.78	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	MUD1	P32605	298 aa	Known RBP	10.78	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	XRS2	P33301	854 aa		10.78	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	YKL023W	P36103	277 aa	Known RBP	10.78	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	EFM2	P38347	419 aa		10.78	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	AFG3	P39925	761 aa		10.78	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	YCG1	Q06680	1035 aa		10.78	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	RLP24	Q07915	199 aa	Known RBP	10.78	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	MAM3	Q12296	706 aa		10.78	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	HIF1	Q12373	385 aa		10.78	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	RTP1	Q12751	981 aa		10.78	□□□□□ -0.68
POM34	YLR018C	ECM29	P38737	1868 aa		10.77	□□□□□ -0.69
POM34	YLR018C	SPC110	P32380	944 aa		10.77	□□□□□ -0.69
POM34	YLR018C	VFA1	P40080	203 aa		10.77	□□□□□ -0.69

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