Protein–RNA interactions for Protein: P62857

RPS28, 40S ribosomal protein S28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 69 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPS28P62857 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPS28P62857 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC21.04■□□□□ 0.96
RPS28P62857 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
RPS28P62857 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC20.82■□□□□ 0.92
RPS28P62857 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
RPS28P62857 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
RPS28P62857 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
RPS28P62857 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
RPS28P62857 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
RPS28P62857 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
RPS28P62857 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.65■□□□□ 0.74
RPS28P62857 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
RPS28P62857 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
RPS28P62857 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
RPS28P62857 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
RPS28P62857 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
RPS28P62857 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
RPS28P62857 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
RPS28P62857 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC19.22■□□□□ 0.67
RPS28P62857 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
RPS28P62857 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
RPS28P62857 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
RPS28P62857 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
RPS28P62857 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
RPS28P62857 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
RPS28P62857 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
RPS28P62857 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC18.78■□□□□ 0.6
RPS28P62857 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
RPS28P62857 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
RPS28P62857 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
RPS28P62857 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
RPS28P62857 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
RPS28P62857 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
RPS28P62857 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
RPS28P62857 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
RPS28P62857 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
RPS28P62857 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC18.53■□□□□ 0.56
RPS28P62857 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
RPS28P62857 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
RPS28P62857 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
RPS28P62857 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
RPS28P62857 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
RPS28P62857 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
RPS28P62857 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
RPS28P62857 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
RPS28P62857 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
RPS28P62857 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
RPS28P62857 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
RPS28P62857 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
RPS28P62857 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
RPS28P62857 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
RPS28P62857 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
RPS28P62857 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
RPS28P62857 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
RPS28P62857 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
RPS28P62857 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RPS28P62857 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RPS28P62857 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
RPS28P62857 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
RPS28P62857 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC17.97■□□□□ 0.47
RPS28P62857 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
RPS28P62857 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
RPS28P62857 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
RPS28P62857 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
RPS28P62857 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
RPS28P62857 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
RPS28P62857 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
RPS28P62857 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
RPS28P62857 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
RPS28P62857 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC17.83■□□□□ 0.45
RPS28P62857 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
RPS28P62857 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
RPS28P62857 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
RPS28P62857 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
RPS28P62857 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC17.75■□□□□ 0.43
RPS28P62857 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
RPS28P62857 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
RPS28P62857 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
RPS28P62857 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
RPS28P62857 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
RPS28P62857 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
RPS28P62857 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
RPS28P62857 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
RPS28P62857 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
RPS28P62857 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
RPS28P62857 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
RPS28P62857 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
RPS28P62857 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
RPS28P62857 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
RPS28P62857 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
RPS28P62857 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
RPS28P62857 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
RPS28P62857 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
RPS28P62857 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
RPS28P62857 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
RPS28P62857 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
RPS28P62857 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
RPS28P62857 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
RPS28P62857 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
RPS28P62857 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.4 ms