Protein–RNA interactions for Protein: O15347

HMGB3, High mobility group protein B3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGB3O15347 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
HMGB3O15347 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
HMGB3O15347 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC26.76■■□□□ 1.87
HMGB3O15347 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
HMGB3O15347 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
HMGB3O15347 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
HMGB3O15347 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
HMGB3O15347 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
HMGB3O15347 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
HMGB3O15347 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC25.8■■□□□ 1.72
HMGB3O15347 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
HMGB3O15347 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
HMGB3O15347 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
HMGB3O15347 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HMGB3O15347 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HMGB3O15347 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HMGB3O15347 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
HMGB3O15347 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
HMGB3O15347 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HMGB3O15347 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
HMGB3O15347 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
HMGB3O15347 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
HMGB3O15347 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
HMGB3O15347 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HMGB3O15347 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HMGB3O15347 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HMGB3O15347 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
HMGB3O15347 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HMGB3O15347 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
HMGB3O15347 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
HMGB3O15347 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.92■■□□□ 1.58
HMGB3O15347 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
HMGB3O15347 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
HMGB3O15347 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
HMGB3O15347 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
HMGB3O15347 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
HMGB3O15347 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HMGB3O15347 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HMGB3O15347 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HMGB3O15347 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HMGB3O15347 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HMGB3O15347 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HMGB3O15347 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HMGB3O15347 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HMGB3O15347 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HMGB3O15347 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HMGB3O15347 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HMGB3O15347 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HMGB3O15347 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HMGB3O15347 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HMGB3O15347 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HMGB3O15347 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HMGB3O15347 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HMGB3O15347 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HMGB3O15347 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HMGB3O15347 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
HMGB3O15347 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HMGB3O15347 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
HMGB3O15347 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HMGB3O15347 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HMGB3O15347 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
HMGB3O15347 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
HMGB3O15347 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
HMGB3O15347 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
HMGB3O15347 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HMGB3O15347 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
HMGB3O15347 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
HMGB3O15347 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
HMGB3O15347 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
HMGB3O15347 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
HMGB3O15347 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
HMGB3O15347 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
HMGB3O15347 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HMGB3O15347 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
HMGB3O15347 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HMGB3O15347 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HMGB3O15347 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HMGB3O15347 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HMGB3O15347 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HMGB3O15347 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
HMGB3O15347 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
HMGB3O15347 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
HMGB3O15347 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
HMGB3O15347 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
HMGB3O15347 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
HMGB3O15347 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
HMGB3O15347 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HMGB3O15347 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HMGB3O15347 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HMGB3O15347 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HMGB3O15347 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
HMGB3O15347 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HMGB3O15347 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HMGB3O15347 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HMGB3O15347 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HMGB3O15347 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HMGB3O15347 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HMGB3O15347 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HMGB3O15347 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HMGB3O15347 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.5 ms