Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 CBSL-202ENST00000617706 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 AC006064.2-201ENST00000501075 2196 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 MIB2-202ENST00000378708 3012 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 TRAM1-201ENST00000262213 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 NR2E1-202ENST00000368986 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 HIBCH-202ENST00000392332 2463 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 PBX2-201ENST00000375050 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 HRAT92-201ENST00000452622 3506 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 TRAF3IP1-202ENST00000391993 4003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 BTBD1-201ENST00000261721 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 GFY-201ENST00000576655 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 CHTOP-203ENST00000368690 2165 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
BRPF3Q9ULD4 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms