Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 ADARB1-202ENST00000360697 6604 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 TBC1D20-201ENST00000354200 4466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 MON2-203ENST00000546600 6130 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 RIMS4-201ENST00000372851 5203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 PCNX2-201ENST00000258229 7518 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 EPB41L3-207ENST00000545076 3190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 PLCD3-212ENST00000619929 6107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms