Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP4Q13107 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP4Q13107 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC19.67■□□□□ 0.74
USP4Q13107 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP4Q13107 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP4Q13107 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP4Q13107 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP4Q13107 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP4Q13107 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP4Q13107 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP4Q13107 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP4Q13107 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP4Q13107 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP4Q13107 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP4Q13107 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP4Q13107 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP4Q13107 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP4Q13107 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP4Q13107 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP4Q13107 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP4Q13107 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC19.65■□□□□ 0.74
USP4Q13107 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
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USP4Q13107 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
USP4Q13107 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC19.65■□□□□ 0.74
USP4Q13107 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
USP4Q13107 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
USP4Q13107 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
USP4Q13107 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
USP4Q13107 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
USP4Q13107 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC19.65■□□□□ 0.74
USP4Q13107 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC19.65■□□□□ 0.74
USP4Q13107 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
USP4Q13107 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC19.65■□□□□ 0.74
USP4Q13107 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
USP4Q13107 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
USP4Q13107 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
USP4Q13107 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.65■□□□□ 0.74
USP4Q13107 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC19.65■□□□□ 0.74
USP4Q13107 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC19.65■□□□□ 0.74
USP4Q13107 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC19.65■□□□□ 0.74
USP4Q13107 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.74
USP4Q13107 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.74
USP4Q13107 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.74
USP4Q13107 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.74
USP4Q13107 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.74
USP4Q13107 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.74
USP4Q13107 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
USP4Q13107 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
USP4Q13107 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
USP4Q13107 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.73
USP4Q13107 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.73
USP4Q13107 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
USP4Q13107 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.73
USP4Q13107 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.73
USP4Q13107 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.73
USP4Q13107 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.73
USP4Q13107 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
USP4Q13107 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.73
USP4Q13107 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
USP4Q13107 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.73
USP4Q13107 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
USP4Q13107 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC19.64■□□□□ 0.73
USP4Q13107 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
USP4Q13107 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.73
USP4Q13107 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
USP4Q13107 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
USP4Q13107 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC19.63■□□□□ 0.73
USP4Q13107 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
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