Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC24.83■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL3A1P02461 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms