Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
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